Ninja köylerinde shinobiler, çeşitli rütbelere ayrılırlar. Bu rütbeler genelde kişilerin kabiliyetleri ve rollerine göredir. Bu, köy içerisinde görev dağılımının daha rahat yapılmasını sağlar ve düzeni korur. Oynanabilir 2 köyde, aşağıdaki rütbeler bulunmaktadır. Bu rütbeler arasındaki geçiş oyun içerisinde, hikayenin gidişatı ile belirlenir.
- Akademi Öğrencisi
Aslen bir rütbe değildir, ancak hala eğitimini tamamlamamış ufaklıklara genel olarak bu şekilde hitap edilir. Genel olarak bu grup herhangi bir göreve çıkmaz, veya savaş gücü olarak sayılmaz.
- Genin
Akademi'den mezun olan kişilerin sahip olduğu rütbedir. Köyde bulunan en düşük shinobi rütbesidir. Genel olarak köyün aldığı basit göreve gönderilirler. Geninler, başlarında bir Jounin olmak üzere 4 kişilik takımlara ayrılırlar. Bu süreç boyunca takım çalışmasını öğrenip takım kaptanlarının tecrübesinden faydalanırlar.
- Chuunin
Taktiksel yeterliliğe ve ortalamanın üstünde bir kabiliyete sahip olan shinobilere verilen rütbedir. Eskiden tüm köylerin katıldığı Chuunin sınavı ile rütbeler atanırken, son yüzyıldır tüm köyler kendi shinobilerini kendi seçmektedir. Genel olarak yüksek başarı gösteren ve kendini Genin sınıfından ayıran kişilere verir. Bir köyün genel savaş gücünü oluştururlar ve riskli görevlere gönderilirler. Bir köyün devriyeleri, akademi öğretmenleri, korumaları ve polis gücü gibi kemik kadrosu Chuunin'lerden oluşur.
- Tokubetsu Jounin | Tokujo
Kendini belirli bir yönde geliştirmiş ve özelleşmiş kişilere verilen rütbedir. Aşırı spesifik rolleri olan ninjalar, Jounin rütbesi yerine, Tokujo ile ödüllendirilir ve özel rollere atanırlar. Genel olarak yeteneklerine ihtiyaç duyulduğunda göreve çıkarlar ve Jounin takımlarına yardımcı olurlar, bazenleri akademide yönelimleri hakkında ders verebilirler.
- Jounin
Aşırı deneyimli ve yetenekli kişilere verilen rütbelerdir. Jounin'ler köy içerisinde takım kaptanı olarak görev yaparlar. Genelde tek başlarına göreve çıkarlar veya diğer Genin takımlarına görevde eşlik ederler. Geninlerin eğitimlerini üstlenirler ve Daicho ile direk olarak muhattap olurlar.
- Ansatsu Senjutsu Tokushu Butai | ANBU
Kage ve Daicho'nun altında çalışan özel timdir ve kimlikleri açıklanmaz. Her biri aynı üniformayı giyer ve maske takarlar. Her bir ANBU üyesi köy lideri tarafından özel olarak seçilir. Köyün diğer rütbeleri ve organizasyonlarından ayrı çalışırlar, genel bir kural olarak kendilerini göstermezler ve köy lideri dışında kimseye hesap vermezler. Aşırı gizlilik ve mükemmel başarı oranı gerektiren görevlere gönderilirler. Takımlar, her bir görev için özel olarak kurulur. Her bir köy liderinin ANBU'lardan oluşan bir özel güvenlik timi bulunur.